Wojna 30 letnia (1619-1649)
Dążenia Habsburgów wywołały sprzeciw wśród protestanckich książąt, tym bardziej, że Habsburgowie łamali postanowienia pokoju augsburskiego. Zawiązali oni tzw. Unię Ewangelicką (1608 r.).
W skład jej wchodziły Palatynat, Brandenburgia, Wirtembergia, Badenia oraz Ansbach. Podważenie władzy cesarskiej było Francuzom bardzo na rękę, więc niezwłocznie udzielili oni wsparcia książętom.
Z czasem po stronie obozu protestanckiego opowiedziały się też Dania i Szwecja. Duńczycy mieli na celu przede wszystkim wzmocnienie swoich wpływów na północnym wybrzeżu Niemiec. Szwedzi z kolei chcieli umocnić swe panowanie na wybrzeżach Bałtyku. W odpowiedzi na poczynania protestantów, katolicy zorganizowali Ligę Katolicką (Świętą). Zyskała ona poparcie Hiszpanii, która prowadziła podobną politykę do Habsburgów Austriackich – władza musiała być katolicka, a wszelkie przejawy herezji tępione. Poza tym Hiszpanie pragnęli podporządkować sobie Niderlandy. Po stronie katolików opowiadała się także Polska, ale nie wzięła ona bezpośredniego udziału w wojnie.
Czechy i Węgry w 1526 nie otrzymały jednak wolności wyznaniowej. Z tego powodu Węgrzy domagali się niej w licznych powstaniach antyhabsburskich. W Hradczanach, doszło do wielkiej kłótni między przedstawicielami cesarza, a przybyłymi. W wyniku awantury, namiestnicy cesarscy zostali wyrzuceni przez okno. Wydarzenie to nazywamy defenestracją praską Stało się to zawołaniem do wybuchu powstania antyhabsburskiego w Czechach, co w rezultacie zapoczątkowało wojnę.
Przebieg Wojny Trzydziestoletniej (1618-1648)
Trzydziestoletni okres wojny można podzielić na 4 etapy:
I Etap czesko-palatynacki (1618-1623)
Po śmierci Macieja, Czesi szybko usunęli z tronu królewskiego Ferdynanda i powołali do władzy palatyna reńskiego – Fryderyka. Zawarli układ z księciem Siedmiogrodu Gabrielem Bethlenem. Ten wywołał powstanie antyhabsburskie na Węgrzech. W listopadzie 1619 roku wraz z wojskami oblegał Wiedeń. Protestanci byli już o krok od zwycięstwa, ale na pomoc Habsburgom nadszedł oddział lisowczyków Zygmunta III Wazy. Bethlen musiał ustapić.
Ferdynand II (tym razem jako cesarz) zyskał pomoc Ligi Katolickiej, Hiszpanii i papieża oraz księcia saskiego. 8 listopada 1620r. wojska czeskie przegrały bitwę pod Białą Górą koło Pragi. Fryderyk musiał uciekać. Czechów spotkały straszne konsekwencje. Skonfiskowano majątki powstańców, stracono ich lub wygnano, wielu wyemigrowało. Doszło do wyniszczenia szlachty czeskiej. Rozpoczęło to serię zwycięstw katolików. Ich wojska zajęły Palatynat. W 1625 zawarto antycesarskie porozumienie między Danią, Holandią i Anglią.
II Etap duński (1625-1629)
W 1625 roku Chrystian IV, król Danii, wkroczył na teren Niemiec. Wojska duńskie odniosły dwie poważne klęski – na moście w Dessau w kwietniu 1625 roku, oraz pod Lutter am Barenberge w sierpniu 1626 roku. Chrystian IV zawarł pokój w maju 1629 roku w Lubece – w zamian za odzyskanie wszystkich terenów utraconych w czasie wojny, nie wolno mu było ingerować w sprawy Niemiec.
III Etap szwedzki (1630-1635)
Szwedzi rozpoczęli szturm. W 1630 pod wodzą króla Gustawa Adolfa wylądowali oni na Pomorzu Zachodnim i ruszyli w głąb Niemiec. W 1631 roku doszło do starcia z armią cesarską pod Breitenfeld, w 1632 pod Rain nad rzeką Lech. Szwedzi zajęli Nadrenię, Czechy i Bawarię. Mieli poparcie wszystkich książąt protestanckich. Niestety w listopadzie 1632 roku pod Ltzen zginął Gustaw Adolf. Mimo tego, wojska szwedzkie wygrały tę bitwę. Bez genialnego dowódcy wszystko się obróciło. Szwedzi przegrali pod Nrdlingen w 1634. Doprowadziło to do zawarcia sojuszu antyszwedzkiego pomiędzy cesarzem a elektorem saskim Janem Jerzym.
IV Etap francusko-szwedzki (1635-1648)
Wojska szwedzkie podbijały kolejno Śląsk, Czechy i Morawy. W 1642 roku doszło do kolejnego zwycięstwa nad katolikami. Miało to miejsce pod Breitenfeld. Francja przyłączyła się do wojny, a Dania, w 1643 roku, odłączyła się od protestantów i poparła armię cesarską. Niedługo po tym, Duńczycy zostali pokonani przez Szwedów i według pokoju zawartego w Brmsebr w 1645 roku, stracili duże tereny. Wojska szwedzkie odniosły jeszcze dwa spektakularne zwycięstwa pod Magdeburgiem i Jankowicami, i w 1646 roku połączyły się z armią francuską. Powstała koalicja, wkraczając do Bawarii, wymusiła na Maksymilianie I sojusz (zawarty w Ulm w 1647). Rok później Francuzi pokonali Hiszpanów w Niderlandach.
Pokój Westfalski – 1648
W październiku 1648 roku, po trzydziestu latach, zawarto pokój. W Mnster i Osnabrck, w Westfalii, spotkali się przedstawiciele prawie wszystkich państw europejskich, prócz Anglii, Rosji, Rzeczpospolitej i Turcji. Rolę mediatora pełnił nuncjusz papieski Fabio Chigi, (później papież Aleksander VII).
W Mnster, 24 października 1648 roku doszło do zgody pomiędzy Francją a cesarstwem. Francuzi uzyskali prawa do 3 biskupstw, kilku posiadłości Habsburgów w Alzacji, 10 miast niemieckich i jednego włoskiego.
Na mocy pokoju w Osnabrck doszło do podziału Pomorza: Szwecja otrzymała ujście Odry wraz z Szczecinem, 3 wyspy - Wolin, Uznam i Rugię, sekularyzowane biskupstwa Bremen i Werden oraz port w Wismane.
Oprócz tego książęta uzyskali pełną niezależność od cesarstwa. Zniesiono zasadę "cuius regio eius religio" – ludność uzyskała swobodę wyznania pod warunkiem, że wypełniała wszystkie obowiązki wobec władzy. Niestety, ten przywilej dotyczył tylko katolików, kalwinistów i luteranów, ponieważ innych wyznań nie uznawano.
Skutki
W Niemczech upadły rzemiosło, handel, kultura i oświata. Podupadło także rolnictwo. Zginęło wielu ludzi (około 30% ludności Rzeszy) z powodu działań wojennych i różnych epidemii.
Wojna utrwaliła rozbicie polityczne Niemiec. Cesarz nadal sprawował główną władzę w państwie i posiadał moc wprowadzania w życie uchwał sejmu rzeszy (Reichstagu), ale książęta, w swoich państewkach byli od niego zupełnie niezależni. Posiadali własne armie, mieli możliwość zawierania traktatów i sojuszy z innymi państwami.
Zmienił się znacznie także podział sił w Europie.