Wojna Trzynastoletnia
Wojna Trzynastoletnia 1454-1466
Po wielkiej wojnie w państwie krzyżackim zaostrzyły się konflikty wewnętrzne. Koszt prowadzonych wojen powodował zwiększenie podatków, miasta pomorskie cierpiały z powodu polityki celnej, a szlachta pruska z zazdrością patrzyła na wzrastające uprzywilejowanie szlachty polskiej.
W 1440r. Powstał Związek Pruski, stworzony przez szlachtę i miasta Pomorza i Prus. Stanowił on zorganizowaną opozycję przeciwko Zakonowi. Spory Związku z Zakonem doprowadziły do rozwiązania Związku przez cesarza i rzucenia klątwy przez papieża na jego członków. Na skutek rozwiązania Związku szlachta i miasta pruskie rozpoczęły powstanie zbrojne, które objęło zachodnią część państwa zakonnego. Jednocześnie do Kazimierza Jagiellończyka udała się delegacja Związku z prośbą o przyjęcie Prus i Pomorza pod zwierzchnictwo polskie. 6 marca 1454 roku król wydał przywilej inkorporacyjny, mocą którego Prusy i Pomorze wcielono do Polski. Jednocześnie król wypowiedział wojnę Zakonowi.
W momencie rozpoczęcia wojny sytuacja Zakonu była ciężka, jednak mógł on się spodziewać pomocy ze strony Europy Zachodniej. Polska rozpoczęła działania bez Litwy. Król zwołał pospolite ruszenie wielkopolskie w Cerkwicy. Pospolite ruszenie odniosło jednak klęskę w bitwie pod Chojnicami 18 września 1454. Jednocześnie powstańcy pruscy zostali rozbici pod Malborkiem. Zbuntowane miasta pruskie wspierały finansowo stronę polską. Za te wsparcie król zorganizował armię zaciężną, wykupił Malbork. Losy wojny na korzyść Polski zmieniły się po 2óch zwycięskch bitwach. W 1462r wojska polskie pod wodzą Piotra Dunina rozbiły wojska krzyżackie pod Świecinem, a w 1463 roku flota Gdańska i Elbląga pobiła na Zalewie Wiślanym flotę krzyżacką. Ostatni polski sukces to zdobycie Chojnic i przejęcie drogi lądowej, którą do Krzyżaków szły posiłki z Europy Zachodniej.
Działania wojenne zakończyły się w październiku 1466 roku zawarciem II pokoju toruńskiego. Na mocy pokoju do Polski powróciło Pomorze Gdańskie, ziemia chełmińska, przyłączono Warmię, Malbork i Elbląg (tzw. Prusy Królewskie). Reszta ziem zakonnych ze stolicą w Królewcu stanowiła lenno Polski. Fakt rozciągnięcia zwierzchnictwa polskiego nad Zakonem miał dla Polski ogromne znaczenie polityczne. Otworzył przed nią możliwości nieskrępowanego handlu poprzez Gdańsk, co przyczyniło się do rozwoju gospodarczego Polski.