Papież Grzegorz VII był mocno skonfliktowany z niemieckim cesarzem Henrykiem IV. Konflikt nosi nazwę sporu o inwestyturę. W praktyce oznaczał on walkę o wplywy i wzajemne interesy pomiędzy papiestwem a cesarstwem. Henryk IV próbował wzmocnić władzę cesarstwa, której jednym z przejawów miała być możliwość wplywu cesarstwa na wybór papieża. Plan ten stanowił poważne zagrozenie dla pozycji papiestwa, w związku z czym Grzegorz VII obłożył Henryka IV najwyższą możliwą karą w kościele katolickim, to jest ekskomuniką, czyli wykluczeniem ze wspólnoty wiernych. Aby cofnąć decyzję papieza Henryk IV odbył pokutną pielgrzymkę do Rzymu i wedle swiadect przez trzy dni boso stał pod murami zamku w Canossie prosząc o wybaczenie i cofnięcie kary. Papież cofnął ekskomunikę, co wywolalo ponowny zatarg. Henryk IV najechał Rzym i wówczas koronował się na cesarza. Konflikt nie został roztrzygnięty za życia Grzegorza VII i Henryka IV. Miało to miejsce dopiero w 1122 roku, na mocy konkordatu zawartego przy współpracy cesarza Henryka V i papieża Kaliksa II.
