W przyrodzie spotykamy wiele związków symbiotycznych bakterii zarówno z roślinami jak i zwierzętami. Symbioza polega na tym, że obie strony odnoszą korzyści z takiego współżycia. Przykładem symbiozy może być współżycie roślin motylkowych z bakteriami, tworzącymi brodawki na ich korzeniach. Bakterie czerpią związki odżywcze wytwarzane przez roślinę, w zamian roślina otrzymuje azot atmosferyczny wiążący przez bakterie. Przykładem symbiozy są także bakterie zasiedlające przewód pokarmowy zwierząt i człowieka, gdzie trawią celulozę oraz wytwarzają niektóre witaminy (B i K), w zamian czerpiąc substancje pokarmowe bezpośrednio z jelita. Zjawisko symbiozy znane jest u ptaków i ssaków żywiących się wyłącznie materiałem roślinnym bogatym w błonnik. Dzięki występowaniu bakterii zwierzęta te mogą trawić taki materiał. U zwierząt wszystkożernych i mięsożernych bakterie występujące w jelicie są źródłem witamin z grupy B12, K, biotyny czyli witaminy H, kwasu foliowego biorących udział w procesach metabolicznych tych zwierząt. Inne przykłady symbiozy: 1. słoń + bąkojad (słoń pozbywa się pasożytów ze skóry, bąkojad je zjada) 2. ukwiał + pustelnik (krab pustelnik ma miękki odwłok i chowa go do pustej muszli ślimaka, na muszli osiada ukwiał, dzięki krabowi jest przenoszony z miejsca na miejsce), 3. termity + pierwotniaki (pierwotniaki pomagają termitom w rozkładzie celulozy) 4. Krowa, koza,owca+ bakterie w przewodzie pokarmowym (przeżuwacze mają strawiony pokarm- możliwe trawienie błonnika, witaminy wytwarzane przez mikroorganizmy, bakterie mają optymalna temp. środowisko beztlenowe, pokarm) 5. Kolibry, owady + rośliny kwiatowe (zwierze dostaje pokarm- nektar, kwiat zapylony) 6. Mrówki + grzyby (mrówki "uprawiają" grzyby w mrowisku, mają stały dostęp do źródła pokarmu, grzyby korzystają z pożywki z rozdrobnionych przez mrówki liści) 7. Ryba Malacocephalus + bakterie świecące w specjalnych gruczołach ryby (ryba korzysta z organów świecących, bakterie mają dobre warunki rozwoju) 8. Kręgowce + pierwotniaki i bakterie w przewodzie pokarmowym (kręgowiec korzysta z wit. z grupy B wytwarzanych przez mikroorganizmy, mikroorganizmy korzystają z niestrawionych resztek pokarmu) Podział bakterii ze względu na kształt ziarniaki - kuliste pałeczki - wydłużone krętki - spiralne promieniowce - nitkowato rozgałęzione przecinkowce - przypominające przecinki maczugowce - przypominające maczugi śrubowce - mają kształt falisty i są podobne do węży
