Oddychanie tlenowe polega na transporcie przez komórki tlenu, natomiast oddychanie beztlenowe jak sama nazwa wskazuje nie wymaga tlenu - jest mało wydatne energetycznie.
Oddychanie tlenowe: Występuje w niektórych bakteriach i grzybach. Miejsce występowania to mitochondrium lub cytoplazma. Substratami w tym typie oddychania są związki organiczne oraz tlen. Produktami natomiast dwutlenek węgla i woda. Ilość uwolnionej energii jest bardzo duża. Oddychanie beztlenowe: Występuje w niektórych bakteriach i grzybach, a także u pasożytów przewodu pokarmowego. Miejsce występowania to cytoplazma. Substratami w tym typie oddychania są związki organiczne. Produktami natomiast dwutlenek węgla, kwas mlekowy i alkohol. Ilość uwolnionej energii jest bardzo mała.
Oddychanie tlenowe zachodzi w trzecim etapie czyli w transportowaniu elektronów w łańcuchach oddechowych i fosforylacji oksynów zachodzi ona we wewnętrznej błonie mitochondrium (wymaga obecności tlenu) z jednej cząsteczki glukozy powstaje od 26 do 28 cząsteczek ATP czyli 90% ATP wytwarzanego w procesie oddychania zaś w procesie oddychania beztlenowego zachodzi w komórkach mięśniowych (podczas intensywnej pracy) bez udziału tlenu wówczas glukoza przekształca się w dwie cząsteczki ATP mniej wydajne niż te z oddychania z udziałem tlenu