Zagrożeniem dla raf koralowych jest najczęściej, lecz nie wyłącznie, działalność człowieka. Korale zabijają zarazy oliwne i osady z nadmorskich fabryk. Jednym z głównych zagrożeń jest podwodna turystyka i nadmierne kolekcjonowanie wielu gatunków, szczególnie tych, które rosną bardzo powoli. Śródziemnomorskie, wolno rosnące korale, np. koral czerwony, były najbardziej eksploatowane ze wszystkich korali na świecie i zawsze chętnie poławiane dla celów jubilerskich i zdobniczych. w wyniku zanieczyszczeń i nadmiernej eksploatacji bardzo zmalała liczebność tych zwierząt. Rafy koralowe drążone są przez gąbki, robaki, muszle, jeże morskie i ślimaki, żywiące się koralowcami. Także różne gatunki ryb zjadają żyjące koralowce: nagozęby np. swoimi ostrymi przednimi zębami odrywają małe kawałki rafy. Przy pomocy zębów trzonowych miażdżą odgryzione kęsy, aby dotrzeć do smacznego mięsa polipów. Koralowce są zagrożone również przez wzrastającą populacje rozgwiazdy zwanej koroną cierniową. Zwierzę to, przez szczeliny w szkielecie kolonii korala, wsuwa swój żołądek do środka polipa, a enzymy wydzielane przez jego żołądek trawią stopniową całą tkankę organiczna wchodzącą w skład ciała korala. Strawione tkanki korala są następnie wsysane przez rozgwiazdę. Wszystko to sprawia, że ponad 10% raf koralowych na świecie zostało już bezpowrotnie zniszczonych. Szacuje się, że w ciągu następnych 100 lat może ulec zagładzie kolejne 70%, dlatego też podejmowane są szerokie działania zmierzające do uratowania tych niezwykłych ekosystemów. Obecnie ponad 40 raf koralowych jest objętych ochroną rezerwatową, a wszystkie gatunki koralowców rafotwórczych chronione są przez Konwencję Waszyngtońską.
