Modyfikacje (metamorfozy) łodygowe są efektem najrozmaitszych przystosowań roślin. Zmodyfikowanymi, nietypowymi łodygami są: - bulwy łodygi podziemne, pełniące funkcje spichrzowe, przetrwalnikowe i rozrodcze, spotykane u: ziemniaka, kalarepy, brukwi, selera, cibory jadalnej, bulwotki ulluco czy krąpieli pierzastodzielnej. To, że bulwy są łodygami, można stwierdzić obserwując siewki ziemniaków wyhodowane z nasion-kiedy taka siewka ma już 5-6 listków, to z ich kątów wyrastają pędy podziemne, wyginają się ku dolowi, wrastają w glebę i grubieją w niej. - cebule też podziemne i również pełniące funkcje spichrzowe, przetrwalnikowe i rozrodcze, z tym, że w cebuli łodygą jest tylko piętką, resztę cebuli tworzą zmodyfikowane liście tak zwane łuski, łuski zewnętrzne są suche i twarde,, łuski wewnętrzne miękkie i soczyste; cebule spotyka się u: lilii, narcyzów, hiacyntów, tulipanów, czosnku, fenkułu azorskiego itd. Niekiedy spotyka się zjawisko tworzenia maleńkich cebulek na pędach nadziemnych, u nasady liścia, a nawet bezpośrednio w pączkach kwiatowych. Można to zaobserwować u tatrzańskiej wiechliny żyworodnej. - kłącza łodygi maksymalnie upodobnione do korzeni; (tego, że kłącza to jednak łodygi dowodzi brak czapeczki na stożku wzrostu, wytywarzanie luskowatych listków i korzeni przybyszowych oraz poziomy wzrost kłącz:D ); zgrubiałe, mięsiste kłącza służą do wegetatywnego pomnażania i gromadzą zapasy u: paproci, konwalii, kokoryczki, zawilca, perzu, imbiru, taro, paciorecznika, rabarbaru, kosaćców, tataraku, grzybieni czy rdestu wężownika itp.
Łodyga spichrzowa – gromadzi materiał zapasowy umożliwiając przetrwanie rośliny w trudnych warunkach, a po ich poprawie umożliwia ponowny rozwój rośliny. W budowie wewnętrznej charakterystyczna jest obecność miękiszu spichrzowego. Przykładem roślin wykształcających łodygi spichrzowe są kaktusowate. * Cebula – są silnie skróconymi pędami podziemnymi, składającymi się z krótkiej łodyżki, zwanej piętką, i gęsto na niej osadzonych liści zmodyfikowanych do postaci łuski magazynującej zapasy. Z piętki wyrastają korzenie przybyszowe, a na jej wierzchołku znajduje się pączek szczytowy, który w następnym roku rozwija się w pęd kwiatonośny. Cebule występują głównie u roślin jednoliściennych (np. cebula zwyczajna, czosnek pospolity). * Gałęziak – zastępuje liście w pełnieniu funkcji asymilacyjnej. Jest to spłaszczona łodyga z miękiszem asymilacyjnym, z licznymi chloroplastami. Gałęziaki występują np. u opuncji i szparagów. * Rozłogi – wydłużone pędy roślin płożące się tuż nad powierzchnią ziemi. Zakorzeniając się w węzłach i wyrastając, tworzą nowe rośliny. Po obumarciu rośliny macierzystej lub oderwaniu się od niej, stają się samodzielnymi roślinami. Przykładem roślin wytwarzających rozłogi są poziomki. * Ciernie – wyrostki o szydłowatym kształcie, ostro zakończone, chroniące rośliny przed zjedzeniem przez zwierzęta roślinożerne, będące przekształconymi liśćmi lub pędami (np. u tarniny i robinii). Ciernie są charakterystyczne dla kserofitów (roślin zasiedlających typowo suche biotopy, jak pustynie, busz i stepy), ale są spotykane i w naszej strefie klimatycznej. Ciernie są wzmocnione tkanką mechaniczną, co utrudnia ich złamanie i mają własną wiązkę przewodzącą, * Wąsy - podobnie jak ciernie mogą być pochodzenia pędowego lub liściowego. Są to organy czepne, nierozgałęzione lub rozgałęzione, cienkie, wrażliwe na dotyk i pod wpływem bodźca mechanicznego owijające się dookoła podpory. Wąsy pędowe są przekształconymi łodygami, na których mogą występować szczątkowe liście oraz kwiaty. U męczennicy wąsy są przekształconymi pędami bocznymi wyrastającymi z pachwiny liści, u winorośli zaś wąsy stanowią zakończenia osi rozgałęzionego pędu. * Źdźbło – zielna łodyga roślin z rodziny wiechlinowatych (traw). Cechuje się dużą wytrzymałością mechaniczną, pomimo delikatnej i lekkiej budowy. Składa się z pustych międzywęźli oraz pełnych węzłów (kolanek).