Wigierski Park Narodowy położony jest na północnym skraju Puszczy Augustowskiej, największego zwartego kompleksu leśnego na Niżu Środkowoeuropejskim, który wraz z lasami na terytorium Litwy i Białorusi. Geograficznie Park leży w granicach Pojezierza Litewskiego i obejmuje fragmenty trzech mezoregionów: Pojezierza Zachodniosuwalskiego, Pojezierza Wschodniosuwalskiego i Równiny Augustowskiej. Prawie cały obszar Wigierskiego Parku Narodowego leży w środkowej części dorzecza rzeki Czarna Hańcza, dopływu Niemna. Park, wraz z otuliną.
