Zagrożeniem dla raf koralowych jest najczęściej, lecz nie wyłącznie, działalność człowieka. Korale zabijają zarazy oliwne i osady z nadmorskich fabryk. Jednym z głównych zagrożeń jest podwodna turystyka i nadmierne kolekcjonowanie wielu gatunków, szczególnie tych, które rosną bardzo powoli. Śródziemnomorskie, wolno rosnące korale, np. koral czerwony, były najbardziej eksploatowane ze wszystkich korali na świecie i zawsze chętnie poławiane dla celów jubilerskich i zdobniczych. w wyniku zanieczyszczeń i nadmiernej eksploatacji bardzo zmalała liczebność tych zwierząt. Rafy koralowe drążone są przez gąbki, robaki, muszle, jeże morskie i ślimaki, żywiące się koralowcami. Także różne gatunki ryb zjadają żyjące koralowce: nagozęby np. swoimi ostrymi przednimi zębami odrywają małe kawałki rafy. Przy pomocy zębów trzonowych miażdżą odgryzione kęsy, aby dotrzeć do smacznego mięsa polipów. Koralowce są zagrożone również przez wzrastającą populacje rozgwiazdy zwanej koroną cierniową. Zwierzę to, przez szczeliny w szkielecie kolonii korala, wsuwa swój żołądek do środka polipa, a enzymy wydzielane przez jego żołądek trawią stopniową całą tkankę organiczna wchodzącą w skład ciała korala. Strawione tkanki korala są następnie wsysane przez rozgwiazdę.
Wielka Rafa Koralowa to bez wątpienia jeden z najpiękniejszych zakątków świata, wpisany na Listę Światowego Dziedzictwa Kultury i Przyrody UNESCO. Całość obejmuje takie elementy, jak: głębokie rowy oceaniczne, wyspy u wybrzeża kontynentu, wyspy Morza Koralowego, wysepki koralowe (atole) oraz całą faunę, żyjącą na przy dnie oceanu. Rafy koralowe są obszarami o największej bioróżnorodność i nawet minimalna zmiana temperatury wody, bądź czystości wód powoduje umieranie raf. Dlatego należy je chronić. Ponieważ rafa koralowa wyginie. A ona nie stosuje regeneracji. Wiec będzie jej coraz mniej. A wtedy różne stworzonka morskie nie będą mogły się gdzie schronić i czym się pożywić.
Rafy koralowe są środowiskiem życia wielu organizmów. Na odcinku ok. 2000 km, wzdłuż północno-wschodniego wybrzeża Australii, ciągnie się Wielka Rafa Koralowa. Jest to największa bariera koralowa na Ziemi, którą tworzy ok 400 gatunków koralowców. Wielką Rafę zamieszkuje 1500 gatunków ryb oraz wiele innych organizmów morskich. W jej wodach przychodzą na świat humbaki- wieloryby, których dorosłe osobniki przypływają tu jedynie na okres godowy. Dla wszystkich turystów odwiedzających Australię nurkowanie na Wielkiej Rafie czy chociażby podziwianie jej ogromu z pokładu statku jest więc niezapomnianą przygodą. Niszczenie raf koralowych dla celów gospodarczych niszczy ekosystem oceanu. Pozdrawiam i liczę na najlepszą :]