Dodatnie znaczenie pierwotniaków w przyrodzie: + Niektóre z wiciowców żyją w symbiozie(we współpracy) z termitami (mieszkają u nich i trawią drewno, które zjadają termity), + Pierwotniaki orzęsków, zamieszkujące układ pokarmowy bydła, umożliwiają przyswojenie błonnika z pokarmów roślinnych spożywanych przez krowy, czy owce. Takie pierwotniaki nazywamy symbiontami, + Stanowią pokarm dla innych zwierząt (wchodzą np. w skład zooplanktonu), + Biorą udział w tworzeniu skorupy ziemskiej. Pancerzyki otwornic tworzą pokłady mułów na dnie oceanicznym, które po latach przekształcają się w skały wapienne, + Gatunki pierwotniaków o wapiennych pancerzach otaczających ciało utworzyły warstwy wapieni, zwanych otwornicowymi, wykorzystywane jako pokłady kredy. Ujemne znaczenie pierwotniaków w przyrodzie: - pasożytują na roślinach i zwierzętach, powodując ich zgon, - niektóre pierwotniaki są pasożytami wywołującymi groźne choroby: śpiączka afrykańska(wywołuje ją trypanosoma gambiense), malaria, czerwonka pełzakowata, owrzodzenie jelita grubego.
* są pożywieniem wielu zwierząt * filtrują wodę * trawią celulozę * tworzą pokłady skał wapiennych (z pancerzy otwornic) * w słodkich wodach są biowskaźnikami do sprawdzania czystości wody