Lokalizują się one w miejscach zwiększonego zapotrzebowania na energię np. między fibrylami komórek mięśniowych, w aparacie kurczliwym mięśnia sercowego, u podstawy komórek nabłonka gruczołowego, w zakończeniach włókien nerwowych - synapsach, wzdłuż włókien wrzeciona cytokinetycznego, u podstawy witki w plemniku albo też lokalizują się w pobliżu substratów oddechowych - przy kroplach tłuszczu. Przemieszczają się w komórce w wyniku ruchów cytoplazmy lub dzięki związaniu się z elementami cytoszkieletu takimi jak mikrotubule.
proces uwalniania energii w mitochondriach to oddychanie wewnątrzkomórkowe,przy czym glikoliza ( I etap- beztlenowy )zachodzi w cytoplazmie,w mitochondriach zachodzi cykl Krebsa i łańcuch oddechowy
