Wody powierzchniowe wykazują ścisły związek z ukształtowaniem powierzchni, budową geologiczną podłoża oraz warunkami klimatycznymi. Budowa kotlinowa Afryki sprawia, że na kontynencie wytworzyły się duże systemy rzeczne, bądź też rozległe obszary bezodpływowe (Sahara, Kalahari, część Afryki Wschodniej). W strefie klimatu równikowego wilgotnego, dzięki obfitym, regularnym opadom występują rzeki stałe o dużym przepływie wód. W strefie klimatu podrównikowego, okresowo suchego, stany wód ulegają dużym wahaniom. W krańcowo suchych warunkach klimatu zwrotnikowego przeważają rzeki epizodyczne, w których woda płynie tylko w czasie ulew zdarzających się raz na kilka lat. W strefie klimatu podzwrotnikowego na północnych i południowych krańcach Afryki spotykamy rzeki stałe i okresowe. Do największych rzek Afryki należą: Nil, Kongo (Zair), Niger, Zambezi. Nil jest najdłuższą rzeką Afryki (6484 km), natomiast Kongo ma największy obszar dorzecza.Zagłębienia terenu wypełniają często wody jezior. Dużą głębokością i wydłużonym kształtem wyróżniają się jeziora położone na dnie rowów tektonicznych: Tanganika, Niassa (Malawi), Rudolfa, Alberta. Dno kotliny Wschodnio-Afrykańskiej wypełnia największe na kontynencie Jezioro Wiktorii. Na obszarach suchych Afryki występują liczne płytkie jeziora, niekiedy stałe (np. Jezioro Czad), najczęściej jednak okresowe.
Wody powierzchniowe Największe jeziora znajdują się na obszarze wielkiego rowu tektonicznego na wschodzie Afryki. Są one bardzo głębokie; dna niektórych położone są nawet poniżej poziomu morza. Jezioro Tanganika np.: leży na wysokości 773 m n.p.m., jrgo głębokość wynosi 1 435m. To znaczy, że jego dno sięga 662m pod poziomem morza. Zjawisko takie nazywamy kryptodepresją, Jezioro Tanganika jest drugim pod względem głębokości jeziorem Świata a Jezioro Wiktorii trzecim pod względem wielkości powierzchni. Inne jeziora afrykańskie znajdują się na podmokłych terenach Kotliny Konga oraz wypełniają dna niektórych kotlin. Rozmieszczenie rzek w Afryce jest bardzo nierównomierne. Największe ich zagęszczenie występuje w wilgotnej strefie równikowej i w strefach podrównikowych. Suche obszary strefy zwrotnikowej i podzwrotnikowej są w większości pozbawione rzek. Najdłuższymi rzekami Afryki są: Nil, Kongo oraz Niger. Nieco krótsze to Zambezi, Oranaje, Limpopo, Senegal.