Ma tak niszczący wpływ, gdyż pozbawia organizm limfocytów (zabije je), a więc organizm nie może się bronic nawet przed zwykłymi chorobami jak katar czy zapalenie płuc i osoba zarażona umiera.
Wirus HIV atakuje i rozmnaża się w białych krwinkach (leukocytach) układu odpornościowego. Kiedy układ immunologiczny (odpornościowy)zaczyna zawodzić, leukocyty nie są w stanie spełniać swoich normalnych zadań polegających na zwalczaniu chorób i zabijaniu zarazków. Mikroby, które normalnie zostałyby usunięte , bez przeszkód rozmnażają się w organizmie. Kiedy jakiś rodzaj zarazka wnika do organizmu ukł. immunologiczny produkuje specjalne cząsteczki zwane przeciwciałami . Przeciwciała unoszą się we krwi i płynach ustrojowych , unieszkodliwiając zarazki na różne sposoby.Ten proces zachodzi w pewnym stopniu również wtedy, gdy organizm zainfekuje wirus HIV. Organizm wytwarza wtedy przeciwciała , dzięki czemu w tej fazie badania krwi można wykazać , że dana osoba jest nosicielem wirusa HIV.Test nie wykrywa samych wirusów, lecz przeciwciała obecne w organizmie.jeśli stwierdzi się obecność przeciwciał HIV , wynik badania określa się jako "pozytywny", co wskazuje na obecność wirusa HIV.Z czasem wirus wchodzi w fazę zakażenia utajonego i po pewnym czasie zaczyna się mnożyć- faza zakażenia produktywnego, a chory zdradza objawy AIDS. Objawy AIDS nie są wywołane przez samego wirusa HIV, jak dzieje się w przypadku zwykłej infekcji wirusowej- ich bezpośrednia przyczyna jest niesprawność układu odpornościowego, który nie zwalcza infekcji.
