Obejmuje wszystkie jądrowce, które pozostały po wyłączeniu organizmów zaliczonych do monofiletycznych kladów zwierząt, roślin i grzybów. Zgodnie z aktualną wiedzą należy tu zbiór taksonów o bardzo różnych powiązaniach filogenetycznych - cała grupa ma charakter parafiletyczny (sztuczny). Nie istnieje żadna zaawansowana ewolucyjnie cecha, która wyróżniałaby protisty od pozostałych eukariotów. Większość protistów to jednokomórkowce, zdarzają się też wielokomórkowce, a nawet organizmy zbliżone do tkankowego poziomu organizacji. Protisty można podzielić na podstawie sposobu odżywiania na samożywne i cudzożywne. Rozmnażają się przez podział komórki, czasem jednak spotyka się też rozród płciowy. Wielokomórkowce rozmnażają się za pomocą zarodników (zoospory). Protisty mają różne "układy lokomocyjne" i poruszają się za pomocą pełzania, ruchów rzęsek i wici, ruchów błonki falującej.
Podział protistów zwierzęcych Protisty zwierzęce były wedługg starej klasyfikacji zaliczane do królestwa zwierząt, wchodząc w skład typu pierwotniaki. Są to organizmy jednokomórkowe odżywiające się cudzożywnie, na drodze fagocytozy, pasożytnicze lub drapieżne. Typ: Parabasalia - wiciowce nieposiadające mitochondriów. Czasem jedna z wici tworzy błonkę falującą (rzęsistek) Typ: Kinetoplastydy - wiciowce z kinetoplastem, który przypomina mitochondrium. Może występować błonka falująca (świdrowiec) Typ: Wiciowce kołnierzykowe - wiciowce z cytoplazmatycznym kołnierzykiem; wić z dodatkowym ciałkiem podstawowym Typ: Apikompleksy - często pasożyty wewnątrzkomórkowe; skomplikowany cykl życiowy (zarodziec malarii) Typ Zarodziowe - protista poruszające się z pomocą nibynóżek (ameby, otwornice, promienice) Typ: Orzęski - wolno żyjące lub symbiotyczne; posiadają dwa rodzaje jąder (pantofelek). Podział protistów samożywnych Protisty roślinopodobne to jedno- lub wielokomórkowce, niekiedy na tkankowym poziomie organizacji. Charakteryzują się samożywnością, często pozyskaną odmiennymi sposobami (chloroplast "pozyskany" w wyniku symbiozy wtórnej). Typ: Eugleny- jednokomórkowe wiciowce, zbliżone do kinetoplastydów, czasem cudzożywne (euglena zielona) Typ: Tobołki - jednokomórkowe wiciowce, samożywne, cudzożywne, wolnożyjące lub pasożytnicze (bruzdnice) Typ: Chryzofity - jedno- lub wielokomórkowe, niekiedy tkankowce (złotowiciowce, okrzemki, brunatnice). Podział protistów grzybopodobnych Jest to kilka grup protistów zaliczanych kiedyś do grzybów, ale z nimi niespokrewnionych. Typ: Śluzowce - protisty lądowe, odżywiające się martwą materią (plazmodium) Typ: Lęgniowce - wodne lub glebowe, saprofityczne lub pasożytnicze (roztoczkowce).