Klęska pod Żółtymi Wodami i Korsuniem Chmielnicki zawarł sojusz z chanem tatarskim Islamem Girejen i stanął na czele powstania, które w szybkim tempie odniosło ogromne sukcesy w braciach z regularnym wojskiem polskim. Pod Żółtymi Wodami i Korsuniem rozbił oddziały dowodzone przez hetmanów Mikołaja Potockiego i Marcina Kalinowskiego, którzy znaleźli się w niewoli. Klęska ta zbiegła się ze śmiercią króla Władysława IV. Rzeczypospolita była osierocona i niemal bezbronna. Ówczesny kronikarz pisał: „że wszyscy myśleli bardziej o ucieczce niż o obronie”. Tymczasem do powstania dołączali zbiegli majątków szlacheckich chłopi, powiększając tym samym armię kozacką. Sromota spod Piławców Jedynym człowiekiem, który krwawo przeciwstawił się Kozakom, był książę Jeremi Wiśniowiecki. Palił całe wsie, a podejrzanych o sprzyjanie Chmielnickiemu wbijał na pal lub wieszał bez wyroku sądowego. Nie jego uczyniono jednak dowódcą armii, ale trzech regimentarzy: Dominika Zasławskiego, Mikołaja Ostroroga i Aleksandra Koniecpolskiego. Chmielnicki obdarzył ich pogardliwymi przezwiskami: „Pierzyna ,Łacina i Dziecina”. I słusznie, gdyż pod Piławcami pierwsi uciekli na wieść o zbliżaniu się Tatarów z Kozakami. W ich ślady poszły oddziały regularnego wojska. Była to jedna z haniebnych klęsk w historii oręża polskiego. Oblężenie Zbaraża Wkrótce Chmielnicki podszedł pod Lwów i Zamość, i równocześnie czekał na wynik elekcji. Wybrano popieranego cicho przez niego Jana Kazimierza, brata przyrodniego zmarłego króla, byłego kardynała. Elekt koronował się już w 1649 roku. Mimo mediacji wojewody kijowskiego Adama Kisiela walki trwały, a Kozacy z posiłkami tatarskimi przystąpili do oblężenia Zbaraża. Oblężenie twierdzy w Zbarażu trwało ponad 40 dni (od 10 lipca do 21 sierpnia 1649 roku).Siły polskie liczyły około 9 tysięcy regularnych żołnierzy i około 6 tysięcy czeladzi, która również brała udział w walkach. Oblegające twierdzę wojska kozacko- tatarskie były sześciokrotnie większe. Zbaraska załoga, pod wodzą Jeremiego Wiśniowieckiego walczyła w skrajnie ciężkich warunkach. Wiadomość o trudnym położeniu Zbaraża przyniósł królowi polskiemu jeden z obrońców twierdzy- szlachcic o nazwisku Skrzetuski. Stał się on pierwowzorem głównego bohatera powieści „Ogniem i mieczem” Henryka Sienkiewicza- Jana Skrzetuskiego. Prawdziwy Skrzetuski miał na imię Mikołaj i pochodził z Wielkopolski. Nowy monarcha wyruszył z odsieczą, mając tylko około 15 tysięcy żołnierzy i wdał się w straceńcze walki z przeciwnikiem przy przeprawie pod Zborowem. Ugoda Polski z Kozakami w Zborowie W obliczu klęski udało się jednak przeciągnąć na swoją stronę chana Islama Gireja w zamian za haracz, eufemistycznie nazywany upominkiem, w wysokości 200 tysięcy złotych polskich. Chan skłonił też do ugody zdradzonego Chmielnickiego. Ugoda zborowska przewidywała zwiększenie rejestru kozackiego do 40 tysięcy oraz dawała Chmielnickiemu tytuł hetmana i władzę na ziemiach Ukrainy naddnieprzańskiej w województwach czernichowskim, racławskim i kijowskim. Prawosławie tam miało mieć szczególne przywileje, a metropolita kijowski miał zostać członkiem senatu. Zmuszono ponadto jezuitów i Żydów do opuszczenia tych terenów. Polskie zwycięstwo pod Beresteczkiem Obie strony uważały to porozumienie za tymczasowe, a Chmielnicki zawarł sojusz z Turcją. Starał się też wysłać emisariuszy w głąb Korony z zadaniem wzniecenia buntów chłopskich. Na czele największej rebelii na Podhalu stanął Aleksander Kostka Napierski, który po zdobyciu Czorsztyna trafił na pal. Pod koniec czerwca 1651 roku doszło do decydującego starcia pod Beresteczkiem. Znów główną rolę odegrali niepewni sojusznicy Kozaków- Tatarzy. W krytycznej fazie bitwy rzucili się bowiem do ucieczki, pociągając za sobą oddziały kozackie. Część z nich udało się uratować Bohunowi, ale gdy Polacy wdarli się do bronionego dzielnie taboru i zobaczyli trupy swoich towarzyszy, rozpoczęli krwawą masakrę. Chmielnicki zgromadził resztę swoich sił pod Białą Cerkwią i tam zawarto kolejną ugodę- 28 września 1651r., ograniczającą władzę Kozaków do terenów województwa kijowskiego i zmniejszającą rejestr do 20 tysięcy. Tragedia pod Batohem i ugoda perejasławska Rok później doszło do pierwszego w dziejach polskiego parlamentaryzmu liberum veto. Walki z Kozakami trwały nadal. W 1652 roku Polacy przegrali pod Batohem, tracąc 8 tysięcy ludzi, a w 2 lata później w ugodzie perejasławskiej Chmielnicki oddał Ukrainę pod protekcję Moskwy, co wywołało wojnę polsko- rosyjską i sojusz Polski z Tatarami. Rosjanie czynili szybkie postępy i zajęli nawet Smoleńsk i Wilno, natomiast Polakom udało się pokonać sprzymierzeńców pod Ochmatowem (1655 rok). Ugoda w Hadziaczu Po śmierci Chmielnickiego podjęto próbę odbudowy więzi między Kozaczyzną a Rzeczypospolitą- ugoda w Hadziaczu (1658), zawarta z hetmanem Janem Wyhowskim zakończyła się jednak niepowodzeniem. Idea utworzenia odrębnego Księstwa Ruskiego, cieszącego się w ramach Rzeczypospolitej tymi samymi prawami, co Korona i Litwa, narodziła się zbyt późno. Konflikt pomiędzy Kozaczyzną a państwem polsko- litewskim był już zbyt głęboki. Silna opozycja wobec ugody wśród kozackiej starszyzny, opór chłopów ruskich, a z drugiej strony niechęć dużej części szlachty nie pozwoliły zrealizować koncepcji przekształcenia państwa w Rzeczypospolitą Trojga Narodów. Na mocy ugody w Hadziaczu z trzech województw ukrainnych- kijowskiego, bracławskiego, czernihowskiego- miało powstać Księstwo Ruskie, które wraz z Koroną i Wielkim Księstwem Litewskim tworzyłoby trójczłonową Rzeczypospolitą. Ponadto w warunkach ugody zagwarantowano: miejsca w senacie dla prawosławnych biskupów (na czele z metropolitą kijowskim), uprzywilejowaną pozycję prawosławia w Księstwie Ruskim, likwidację unii brzeskiej, utrzymanie 60 tysięcy Kozaków rejestrowych, wprowadzenie ułatwień w nobilitacji Kozaków. Sejm walny w 1659 roku zatwierdził ugodę, wprowadzając jednak bardzo poważne zmiany do ustalonych w Hadziaczu warunków. Doprowadziło to do załamania idei porozumienia wśród Kozaków i ponownego oddania się Kozaczyzny pod protekcję Rosji. Na mocy rozejmu w Andruszowie (1667 rok) Moskwa zagarnęła lewobrzeżną Ukrainę. Pod rosyjską władzę przeszedł tez Kijów- w myśl postanowień traktatu na 2 lata, w praktyce na stałe. Postanowienia rozejmu potwierdzono w podpisanym w 1686 roku tzw. pokoju Grzymułtowskiego.
W pierwszej połowie XVII wieku Kozacy stali się poważną siłą militarną, zdolnąby zagrozić nie tylko posiadłośćiom tureckim czy tatarskim. Rzeczpospolita chciałą ograniczyć liczbę kozaków w rejestrze. W 1625 roku określono ich na 6 tys osób, przy czym było ich ponad 30-40 tysięcy. Pozostałych władze polskie chciały zrównać z chłopami. Stało się to przyczyną licznych wystąpień antyfeudalnych, w trakcie których poparła ich miejscowa ludność. Wartość bojową kozaków, również cenił sobie Władysław IV m.in przekonał się o tym w bitwie pod Chocimem (1621). W 1635 roku wzrosły napięcia na linii Rzeczpospolita-Kozacy, ponieważ zaczęto budować twierdzę Kudak, co uniemożliwiłoby Kozakom wyprawy na Turcję. Kozacy postanowili się zbuntować i zburzyli twierdzę Kudak, jednak już 1637 roku wojska Koronne rozgromili Kozaków w bitwie pod Kudejkami. Twierdza Kudak została szybko wybudowana, a sejm w 1638 roku zmnieszył rejestr kozaków do 6 tysięcy. Na Ukrainie zapanował dziesięcioletni pokój, na mocy którego magnateria znacznie wyzyskiwała miejscową ludność. W 1647 roku Jeremi Wiśniowiecki wyrusza na Dziekie Pola z 20-tysięczną armią, która miała na celu sprowokować Tatarów do najazdu na Rzeczpospolitą. Jednak nikt się nie spodziewał, że to głównie z Kozakami będziemy walczyć. Na czele powstańców stanął Bohdan Chmielnicki, który sprytnie zawarł sojusz z Tatarami krymskimi. W 1648 roku opuścił Sicz Zaporowską i stopniowo przesuwał się na północ Ukrainy. Pod swoim dowództwem miał nie tylko Kozaków, ale również ordę tatarską. Armia Polska przegrała bitwę pod Żółtymi Wodami oraz Korsuniem. Na wieść o przegranej wojsk Rzeczypospolitej nagminnie wstępowały w szeregi powstańców chłopi. W 1648 roku zmarł król Władysław IV, którego Kozacy bardzo szanowali. We wrześniu 1648 roku polskie wojsko poniosło haniebną klęskę pod Piławcami, gdzie regularna armia i chorągwie magnackie uciekły z pola bitwy. Następca Władysława IV, Jan Kazimierz Waza dążył do wyzwolenia całej Ukrainy. Jednak ostatecznie musiał przystać na ugodę zborowską w 1649, na mocy którego Chmielnicki został hetmanem kazackim, zwiększono rejestr kazacki do 40 tysięcy, Kozacy uzyskali dostęp do urzędów i przywileje. Po śmierci Ossolińskiego, Chmielnicki miał plan o wznowieniu dywersji na tyłach przeciwnika. Porozsyłał swych emisariuszu po Polsce, którzy mieli za zadanie buntować chłopów przeciwko szlachcie. W bitwie pod Beresteczkiem 1651 roku wojskami Koronnymi osobiście dowodził Jan Kazimierz dzięki czemu wygraliśmy z siłami kozacko-tatarskimi. Walki z kozakami został przerwane układem w Białej Cerkwi 1651 roku. Jednak układ został zerwany w bitwie pod Batohem 1652 roku, tym samym Chmielnickiego opuściły wojska tatarskie. Chmielnicki się nie poddawał i zawarł on układ w Perejasławiu 1654, na mocy którego oddał zwierzchnictwo Kozaków carowi, a Tatarzy przeszli na stronę polską. Latem 1654 roku wojska carskie zajęły tereny Białorusi i Litwy oraz Ukrainy. W 1655 roku wojska zajęły Lublin i doszły w okolice Kazimierza oraz Puław. Dzięki pomocy tatarskiej udało się zażegnać zagrożenie zmuszając wojska rosyjsko-kozackie do odwrotu, a Chmielnicki trafił do obozu pod Jezierną. Rosja nie chcąc zwiększyć potęgi Szwecji, podpisała układ o wspólnej walce ze Szwecją.