Drobnoustroje chorobotwórcze przedostaja sie do organizmuczłowieka różnymi drogami, a miejsca ich wtargnięcia nazywa sie wrotami zakażenia. Najczęsiej są nimi drogi oddechowe, przewód pokarmowy, błony sluzowe i uszkodzona skóra. Zakażenie nie oznacza choroby. Dopiero namnożenie drobnoustroju w organiźmie i towarzyszące temu uszkodzenia tkanek powoduje chorobę.
Drobnoustroje mikroskopijnej wielkości; należą tu wszystkie bakterie i zbliżone do nich organizmy, pierwotniaki, wirusy, liczne glony oraz niektóre grzyby; drobnoustroje zamieszkują wszystkie środowiska, a w niektórych tylko one reprezentują życie; są zarówno autotroficzne - samożywne (zdolne do fotosyntezy lub chemosyntezy), jak i heterotroficzne - cudzożywne (drapieżne, saprofity, pasożyty); z punktu widzenia ekol. reprezentują wszystkie 3 podstawowe ogniska łańcuchów pokarmowych ( producenci, konsumenci, reducenci) Drobnoustroje są przyczyną wielu chorób człowieka.Zakażenie można zdefiniować jako załamanie stanu równowagi między mechanizmami obronnymi organizmu a właściwościami patogennymi mikroorganizmów, umożliwiające rozwój tych ostatnich w organizmie chorego. W praktyce klinicznej w hematologii podłożem zakażeń jest stan niewydolności układu odpornościowego, czyli jego niezdolność do eliminacji czynnika infekcyjnego. Różne składowe układu odpornościowego chronią organizm ludzki przed drobnoustrojami. Dokładne rozpoznanie rodzaju niewydolności tego układu umożliwia określenie rodzaju drobnoustroju, który jest groźny dla organizmu. Najogólniej mówiąc, niedobory odporności nieswoistej i swoistej odporności humoralnej usposabiają do zakażeń bakteryjnych i grzybiczych, a niedobory swoistej odporności komórkowej – do zakażeń wirusowych oraz do zakażeń bakteriami żyjącymi wewnątrzkomórkowo, takimi jak prątki Podstawowym źródłem drobnoustrojów dla człowieka jest inny człowiek. U dorosłego, który ma obniżoną odporność, można prześledzić historię kontaktów z patogenami. Wytworzył on swoistą odporność na wiele drobnoustrojów. Ponadto może współistnieć bezobjawowa lub/i skąpoobjawowa infekcja nabyta jeszcze w okresie posiadania normalnej odporności. Jest to najczęściej zakażenie okołowierzchołkowe zębów, zatok, układu moczowo-płciowego, nosicielstwo, np. pałeczek Shigella-Salmonella itp. Wewnątrzustrojowe drobnoustroje w razie załamania się odporności mogą spowodować śmiertelne zakażenie.
