Tłuszcze trawione są dosyć trudno. W jamie ustnej, przełyku, żołądku tłuszcze nie ulegają większym zmianom, zaczynają być trawione dopiero w dwunastnicy. Lipidy nie są rozpuszczalne w wodzie, natomiast enzymy lipolityczne (np. lipaza trzustkowa) rozpuszczają się w wodzie i nie rozpuszczają się w tłuszczach, przez co działają tylko na powierzchni. Żółć wydzielana przez wątrobę rozbija (emulguje) tłuszcze, dzięki czemu enzym (lipaza trzustkowa) może strawić tłuszcze. Lipaza rozbija cząsteczki tłuszczu na kwasy tłuszczowe, glicerol, monoglicerydy, diglicerydy. Produkty trawienia przenikają na drodze transportu aktywnego do krwi żyły wrotnej, następnie do wątroby. Nadmiar kwasów tłuszczowych ulega beta-oksydacji, czyli rozbiciu enzymatycznym na jednostki dwuwęglowe, które są następnie używane w mitochondriach do wytworzenia ATP. Część zemulgowanego tłuszczu przenika do limfy, nadmiar odkłada się w postaci tkanki zapasowej.
