Właśnie minęła letnia burza i wieśniacy nad brzegiem rzeki dziękują Bogu, że nie wyrządziła ona poważniejszych szkód. Wśród wieśniaków jest Zosia, która boi się o bezpieczeństwo swojego ukochanego Franka. Jest on flisakiem.Stary żołnierz upewnia dziewczynę, że chłopiec bezpiecznie dopłynął już do Sandomierza po wzburzonej rzece.Młodzi spotykają się i są bardzo tym uszczęśliwieni. Jednak dziewczyna dowiaduje się, że jej ojciec obiecał ją wydać za mąż za warszawskiego fryzjera Jakuba. Młodzi na darmo proszą o odwołanie tej decyzji, jednak ojciec Zosi jest nieugięty. Młody flisak postanawia zatem ruszyć w świat i odszukać zaginionego brata Jakuba. Fryzjer zaczyna dopytywać o wydarzenia i szybko okazuje się, że to on jest bratem Franka. Szczęśliwy Jakub oddaje dziewczynę swojemu odnalezionemu bratu Frankowi.Zosia i Franek zostają małżeństwem.
Uwertura do „Flisa” łączy się bezpośrednio z lekka oraz pogodną akcją opery, rozgrywającą się w ciągu kilku godzin na wiślanym brzegu niedaleko Warszawy. Na początku opery „Flis” flisacy z radością witają koniec burzy. Tę właśnie groźną burzę Stanisław Moniuszko przedstawił pomysłowo chociaż raczej niezbyt groźnie,