Po wybuchu wojny Niemcy nie pozwolili mu na swobodną działalność charytatywną i Gestapo wzięło go z Niepokalanowa i początkowo więziony był między innymi w Amlitz i w Ostrzeszowie. Po zwolnieniu znów przebywał w Niepokalanowie aż do 17 lutego 1941 roku kiedy to Gestapo uwięziło go na pawiaku w Warszawie, gdzie go ciężko pobito za wyznawanie wiary. Następnie 25 maja 1941 roku wywieziono go do obozu zagłady w Auschwitz i dano mu numer: więzień 16670. W Oświęcimiu uratował życie współwięźniowi Franciszkowi Gajowniczkowi ojcu rodziny, godząc się ponieść zamiast niego śmierć głodową. 14 sierpnia 1941 roku po dwóch tygodniach bez pokarmu i wody zostaje dobity w celi śmierci zastrzykiem z fenolu. Zmarł w przeddzień Wniebowzięci Najświętszej Marii Panny, którą tak ukochał. Następnego dnia ciało jego spalono w krematorium.
Jego męczeństwo trwało pół roku od ciężkiego pobicia na pawiaku po śmierć w Auschwitz.
