Pierwszy uniwersytet powstał u schyłku XI wieku w Bolonii (we Włoszech). W ciągu XII i XIII stulecia założono następne: w Paryżu (Sorbona), w Oksfordzie, Cambridge, Padwie i wielu innych miastach. Średniowieczne uniwersytety kształciły prawników, lekarzy, filozofów i teologów. Za królową nauk uważano właśnie teologię, czyli naukę o Bogu. Myślą przewodnią ówczesnych uczonych stało się zdanie ,,Wierzę, aby zrozumieć'. Oznaczało ono, że należy przyjąć bez zastrzeżeń prawdy objawione w Biblii, a potem próbować je zrozumieć i rozwinąć za pomocą innych nauk, zwłaszcza filozofii.
