Ogolnie działają tak : próbka znajduje się w próżni i jest pokrywana warstwą metalu. Wiązka elektronów przeczesuje daną próbkę i trafia do detektorów. urządzenia elektroniczne odtwarzają obraz badanej próbki. Wadą jest to, że nie można prowadzić obserwacji na komórkach żywych. Mikroskopy elektronowe dzielimy na nieznacznie różniące się mikroskopy: 1.Transmisyjny mikroskop elektronowy ( TEM): Daje nam dwuwymiarowy obraz , wiązka elektronów przechodzi przez preparat. 2.Skaningowy mikroskop elektronowy ( SEM) Daje nam trójwymiarowy obraz, wiązka elektronów skupia się na powierzchni preparatu.
