Wśród struktur komórkowych otoczonych podwójną błoną komórkową wyróżniamy: a) jądro komórkowe - otoczone błoną organellum komórkowe obecne we wszystkich komórkach eukariotycznych (jądrowych). Zawiera większość materiału genetycznego komórki. Funkcją jądra komórkowego jest przechowywanie i powielanie informacji genetycznej oraz kontrolowanie czynności komórki, dlatego właśnie stanowi ono centrum kontroli komórki. Główne struktury, które obecne są w budowie jądra komórkowego to błona jądowa, podwójna membrana otaczająca całe organellum i oddzielająca je od cytoplazmy oraz blaszka jądrowa, a także jąderko. b) plastydy (m. in. chloroplasty) - organelle otoczone podwójną błoną komórkową, występujące tylko u roślin oraz protistów roślinopodobnych. Plastydy dzielimy na: - bezbarwne (np. leukoplasty przechowujące materiały zapasowe) - barwne (np. chloroplasty aktywne w procesie fotosyntezy, chromoplasty zawierające barwnik: czerwony karoten, żółty ksantofil) c) mitochondria otoczone błoną organellum, obecne w większości komórek jądrowych. Organella te mają różną wielkość, przeważnie od 2 do 8 µm, mogą też szybko zmieniać swój kształt i rozmiary. Są one miejscem, w którym w wyniku procesu oddychania komórkowego powstaje większość ATP komórki, będącego jej źródłem energii. Organellum to jest złożone z kilku przedziałów, posiadających specyficzne funkcje. Te przedziały to błona zewnętrzna, przestrzeń międzybłonowa, błona wewnętrzna, grzebienie oraz macierz mitochondrialna. Pomimo tego, że większość materiału genetycznego komórki znajduje się w jądrze komórkowym, mitochondria, jako jedyne organella poza plastydami posiadają własny materiał genetyczny.
