Zasadniczą przyczyną występowania wysokiej częstości oporności na antybiotyki u bakterii jest zmienność genetyczna. Najważniejszą rolę odgrywają mechanizmy horyzontalnego przekazywania genów oporności, odpowiedzialne za efektywne rozprzestrzenianie się markerów oporności wśród bakterii. Horyzontalny (lateralny) transfer genów- HTG (ang. horizontal gene transfer) jest procesem, pozwalającym na nabywanie wielu genów (w tym genów oporności), podczas jednego procesu rekombinacyjnego. Stanowi siłę napędową ewolucji bakteryjnej. HTG związany jest z przenoszeniem informacji genetycznej pomiędzy komórkami bakteryjnymi, należącymi do tego samego gatunku, jak również do różnych gatunków a nawet rodzajów. W HTG uczestniczy pokaźna pula mobilnej informacji genetycznej. Zjawisko horyzontalnego transferu genów odbywa się na drodze: koniugacji, transdukcji, transformacji. Głównym mechanizmem horyzontalnego transferu genów u bakterii jest koniugacja. Jest to spowodowane obecnością genów oporności na ruchomych elementach genetycznych (plazmidach czy transpozonach koniugacyjnych). Z kolei ich obecność jest warunkiem koniecznym aby komórka bakteryjna mogła zostać dawcą materiału genetycznego w procesie koniugacji. Poza tym koniugacja umożliwia przenoszenie genów oporności między gatunkami i rodzajami, natomiast transdukcja i transformacja- tylko w obrębie tego samego gatunku.
