Pod względem uzyskiwania pokarmu bakterie dzielimy na samo i cudzożywne, czyli odpowiednio autotrofy i heterotrofy. Ich cechą jest brak umiejętności do Wytwarzania materii organicznej z dostępnych prostych substancji mineralnych. Pobierają one ze środowiska gotowe już substancje w postaci złożonych związków organicznych.Pasożyty pobierają pokarm kosztem innych organizmów, najczęściej żerując na ich tkankach. Tylko niewielka część spośród wszystkich bakterii jest w stanie przeprowadzać proces fotosyntezy czy chemosyntezy.Proces chemosyntezy przebiegający u drugiej grupy bakterii autotroficznych przebiega odmiennie, gdyż nie wymaga udziału światła ani barwników fotosyntetycznych. Energię potrzebną do przemian uzyskują w czasie utlenienia różnych związków organicznych.Przykładem bakterii chemosyntetyzujących są bakterie nitryfikacyjne. Mają one zdolność do utleniania amoniaku do azotanów.
