16 maja 1657 podczas powstania Chmielnickiego dostał się we wsi Mohilno w ręce Kozaków. Zamęczono go w okrutny sposób na śmierć w rzeźni w Janowie Poleskim.
W Martyrologium Rzymskim zamieszczona została następująca notatka o Andrzeju Boboli: „W Janowie koło Pińska, na Polesiu, św. Andrzeja Boboli, kapłana Towarzystwa Jezusowego. Wycierpiawszy od schizmatyków różne rodzaje tortur zdobył chwalebną palmę męczeństwa”. Św. Andrzej Bobola, jezuita, patron Metropolii Warszawskiej, nazywany „apostołem Pińszczyzny” nie odznaczył się w swoim życiu niczym, czemu mogłyby być poświęcone naukowe monografie. Nie zasłynął dorobkiem publicystycznym, jak współcześni mu jezuici: sinolog –Michał Boym, leksykograf – Grzegorz Knapski, wynalazca w dziedzinie wojskowości – Oswald Kruger, poeta – Maciej Sarbniewski, matematyk – Stanisław Solski, architekt – Bartłomiej Wąsoski i wielu innych. Był tylko zwykłym duszpasterzem. Choć przekazy rzucające światło na jego sylwetkę duchową są bardzo fragmentaryczne, wynika z nich, że zarzucano mu wiele wad. W sprawozdaniu, jakie napisano o nim w 1623 r. czytamy: „Łatwo wpada w niecierpliwość, niezupełnie opanowany w uczuciach, zbyt przywiązany do własnego zdania, skłonny do zmysłowości, nie panujący nad językiem, przykro odczuwający niemiłe sobie rozkazy przełożonych”. Jego bezpośredni przełożony stwierdził, że „pobożność ks. Boboli, duch modlitwy, pokora, posłuszeństwo, skromność, zachowanie reguł były średnie. Nie wybijał się pod tym względem ponad miarę przeciętną”. Kluczem do wielkości Św. Andrzeja Boboli jest jego męczeńska śmierć z rąk kozaków w dniu 16 V 1657 r. Była to cena, jaką zapłacił za szerzenie katolicyzmu wśród mieszanej wyznaniowo ludności Polesia. Konflikt wyznaniowy Polesie było w tym czasie (XVII w.) obszarem, na którym ścierały się wpływy trzech różnych wyznań: katolicyzmu w wersji rzymskiej, katolicyzmu w wersji unickiej i prawosławia. Był to ponadto obszar bardzo zaniedbany pod względem cywilizacyjnym i religijnym. Żyjący w nadzwyczaj prymitywnych warunkach lud nie zawsze potrafił odróżnić prawdę od fałszu, łatwo było nim manipulować, a nawet pchać do zbrodni. Dochodziło do tego zagrożenie ze strony spiskującego z Moskwą kozactwa. Mimo tak trudnej sytuacji, działalność misyjna jezuitów przynosiła na tym obszarze sukcesy. Sam Andrzej Bobola spowodował nawrócenie się na katolicyzm dwóch całych wiosek: Bałandyczów i Udrożyn. Ludzie wrogo nastawieni do religii katolickiej, a także do kojarzonej z katolicyzmem polskości nie mogli mu tego darować. Nie dysponując przeciwko niemu siłą argumentów, postanowili sięgnąć po argument siły. Męczeństwo Andrzeja Boboli 16 maja 1657 r., podczas jednej ze swych wycieczek misyjnych, ojciec Andrzej Bobola dowiedział się o niebezpieczeństwie grożącym mu ze strony kozaków. Usiłując umknąć, wsiadł wraz z powożącym Janem Domanowskim na pożyczony wóz, chcąc dostać się w bezpieczne miejsce. Kozacy na swych koniach byli jednak szybsi. Domanowskiemu – któremu potomność zawdzięcza relację na temat śmierci Andrzeja Boboli - udało się uciec do lasu. Bobola został pojmany przez kozaków. Jak czytamy na stronie internetowej Ojców Jezuitów: „Znienawidzonego Lacha obnażono najpierw i skatowano nahajkami, a potem dostał jeszcze kilka kułaków tak silnych, że posypały się zęby. Po tej uwerturze skrępowano mu ręce powrozem i przywiązano do pary koni, które popędzono w kierunku Janowa. W czasie czterokilometrowego biegu między końmi dostał jeszcze mnóstwo razów batogami, cięcie szablą w lewe ramię, oraz kilka ukłuć lancą, po której pozostały głębokie rany. W Janowie zbiegł się tłum ciekawych niecodziennego widowiska. Aby uchronić się od nadmiaru świadków wprowadzono Andrzeja do szopy służącej za rzeźnię. Z gałązek dębowych upleciono wieniec i wciśnięto mu na głowę, następnie rzucono na stół i ogniem przypalano ciało, wbijano drzazgi za paznokcie, zdzierano skórę z rąk, piersi, pleców i głowy, odcięto palec wskazujący od lewej dłoni i końce dwóch innych palców, wydłubano prawe oko, świeże rany posypano plewami, odcięto nos i wargi, wyrwano język, wreszcie za nogi powieszono u powały. Po dwóch godzinach żywego jeszcze zdjęto ze sznura. Dwukrotne cięcie szablą w szyję zakończyło męczarnię Boboli”. Złożone w Pińsku ciało zamęczonego ks. Andrzeja stało się przedmiotem kultu religijnego. Cześć oddawali mu nie tylko katolicy, ale i prawosławni. Mimo to, pamięć o nim wygasła wraz z tymi, którzy znali go osobiście. Sen rektora kolegium Minęło 45 lat od śmierci Andrzeja Boboli. Był rok 1702 i na terenie Polski toczyła się tzw. „wojna północna” pomiędzy Rosją a Szwecją. Gdy w niedzielę, 16 IV 1702 r. obawiający się o bezpieczeństwo Pińska rektor tamtejszego Kolegium Jezuickiego prosił niebo o ratunek, przyśnił mu się nieznany jezuita i zapewnił, że on, Andrzej Bobola, będzie miał klasztor w opiece pod warunkiem, że jego ciało zostanie otoczone odpowiednią czcią. Odnalezienie zwłok Andrzeja Boboli nie było łatwe. Jezuickich grobów było w podziemiach kościoła wiele. Niemożliwe było nawet ustalenie daty jego śmierci, gdyż wszelkie zapiski na ten temat zaginęły. Lecz w nocy z 18 na 19 kwietnia o. Bobola przyśnił się znowu – tym razem świeckiemu zakrystianowi i dokładnie określił miejsce, w którym został pochowany. Po trzech godzinach prac wykopano z ziemi trumnę z napisem: „Ojciec Andrzej Bobola Towarzystwa Jezusowego przez kozaków zabity”. Gdy otwarto wieko, zgromadzonym ukazało się świeżo zachowane ciało, z widocznymi śladami tortur. Wiadomość o odnalezieniu ciała, które w wilgotnej piwnicy, pełnej rozkładających się trupów zachowało świeżość, obiegła Polesie lotem błyskawicy. Kult Od tego momentu kult Andrzeja Boboli począł zataczać coraz szersze kręgi. Jego sława sięgnęła za granicę, gdzie wydrukowano o nim pierwsze monografie. Mimo to próby wyniesienia go na ołtarze szły opornie. Zabiegi polskich biskupów i jezuitów sprawiły jedynie, że w 1755 r. papież Benedykt XIV wpisał Andrzeja Bobolę na listę męczenników za wiarę. Sprawa beatyfikacji Andrzeja Boboli nabrała w końcu wymiaru politycznego. W zaprzysiężonych przez ostatniego króla Polski, Stanisława Augusta Poniatowskiego „Pacta Conventa” znalazło się takie, m.in. zobowiązanie: „Starać się będziemy wnieść instancję do Stolicy Apostolskiej o beatyfikację Andrzeja Bobli SJ”. Wkrótce jednak nastąpiły rozbiory Polski i cała sprawa utknęła w martwym punkcie. Na beatyfikację Andrzeja Boboli trzeba było poczekać aż do roku 1853, kiedy to w nadzwyczaj uroczysty sposób papież Pius IX ogłosił go w Watykanie błogosławionym. Po odzyskaniu niepodległości Episkopat Polski podjął starania o kanonizację bł. Andrzeja Boboli. Nastąpiło to w końcu w roku 1938. Losy relikwii Ciekawe były losy relikwii Andrzeja Boboli. Szczególnie dramatyczny charakter przybrały one w czasach sowieckich. 23 czerwca 1922 r. kościół w Połocku, gdzie Bobola był pochowany (trumna został przeniesiona w 1808 r. z Pińska) otoczyło wojsko. Zjawili się wysłannicy Kremla. Po otwarciu trumny ciało obnażono i rzucono nim o podłogę. Lecz, ku zdumieniu obecnych, zwłoki nie rozsypały się. 20 lipca ciało Andrzeja Boboli zostało przewiezione do Moskwy i umieszczone w gmachu Higienicznej Wystawy Ludowego Komisariatu Zdrowia. Gdy wkrótce ZSRR dotknęła klęska głodu, ginącemu narodowi z wydatną pomocą pospieszył papież Pius XI. Sowiecki rząd zgodził się wówczas na wydanie relikwii Papieżowi, pod jednym wszakże warunkiem: że nie zostaną one przewiezione przez Polskę. Uzgodniono trasę przez Odessę i Stambuł. Trumna dotarła do Rzymu i została złożona w Bazylice św. Piotra. Po kanonizacji w 1938 r. zwłoki św. Andrzeja Boboli zostały uroczyście sprowadzone do Polski i złożone w kaplicy O. Jezuitów przy ul. Rakowieckiej 61 w Warszawie. Obecnie spoczywają one w oszklonej trumnie pod ołtarzem we wzniesionym w latach osiemdziesiątych sanktuarium.
