pozytywne: -są biowskaźnikami czystości wód -tworzą zooplankton (pokarm dla innych zwierząt) -są symbiontami dla niektórych zwierząt (trawią te substancje, których one nie potrafią np. drewno u termitów lub w orzęskach u bydła jest możliwe przyswojenie błonika z pokarmów rośninnych) negatywne: -niektóe są pasożytami wywołującymi rozmaite choroby np. dur brzuszny (in. tyfus), czerwonka, kiła wrodzona, kiła nabyta
Znaczenie pierwotniaków /pozytywne/: -stanowią pokarm dla zwierząt wodnych -oczyszczają wodę -jako symbionty biorą udział w trawieniu celulozy /orzęski w żołądku przezuwaczy/ -tworzą skały wapienne /pancerzyki otwornic,promienic / -pierwotniaki słodkowadne są wykorzystywane jako bioindykatory do oceny stanu czystosci wód -jako tani i względnie łatwo dostepny materiał niektóre pierwotniaki są wykorzystywane w laboratoriach do badania szeregu procesów biologicznych Negatywne: -jako pasożyty są przyczyną chorób /zarodziec malarii,pełzak czerwonki,rzęsistek pochwowy/