Rafom zagraża wiele czynników na które człowiek nie ma wpływu takich jak: ataki huraganów, zwiększenie populacji rozgwiazd, które żerują na koralowcach. Rafy są jednak również niszczone pośrednio przez działania człowieka: erozja gleby na lądzie, dewastacja lasów, wycieki ropy naftowej, zanieczyszczanie ściekami. Do bezpośrednich działań człowieka, które doprowadzają do niszczenia raf koralowych zalizcyć można stosowanie środków wybuchowych do połowu ryb, czy wreszcie odrywanie kawałków koralowca "na pamiątkę" przez turystów. W niektórych regionach koralowce wykorzystuje się do budowy domów, często też wypala się je, aby uzyskać czyste wapno. Wszystko to sprawia, że ok. 20% raf koralowych na świecie zostało już bezpowrotnie zniszczonych. Szacuje się, że w ciągu następnych 100 lat może ulec zagładzie kolejne 70%. Trzeba podkreślić, że na rafie żyją ryby, mięczaki i rośliny, różnorodne zwięrzęta począwszy od meduz, poprzez żółwie morskie, a na rekinach skończywszy. I to dlatego należy chronić ten "cud natury" i ważny element ekosystemu jakim są rafy koralowe
