Morze Bałtyckie utworzyło się około 12 tysięcy lat temu. Powstało, gdy ostatni lądolód stopniał. Jego pierwszą formą było Bałtyckie Jezioro Lodowe, które istniało prawie tysiąc lat. Charakteryzowało się wysokim poziomem wód (przekraczał wysokość oceanów o około 20 metrów).Był to zbiornik słodkowodny, niezbyt zasobny w organizmy żywe z powodu arktycznego klimatu. Kres istnienia Bałtyckiego Jeziora Lodowego nastąpił po przełamania mostu łączącego kontynent ze Skandynawią. Wtedy to wody bałtyckie dotarły do Oceanu niczym rwąca rzeka. Poziom wód obniżył się o 26 metrów, a przez połączenie z Morzem Północnym zaczęła napływać słona woda wraz z nowymi gatunkami zwierząt. Dzięki temu powstało Morze Yoldiowe. Nazwa pochodzi od małża Yoldia arctica, który był przeważającym przedstawicielem ówczesnej fauny. Kolejnym etapem kształtowania się Morza Bałtyckiego było powstanie słodkowodnego Jeziora Ancylusowego, które powstało w wyniku podnoszenia się Skandynawii i zerwania połączenia Morza Yoldiowego z Morzem Północnym. Ustał dopływ słonej wody natomiast topniejący lądolód spowodował osłodzenie wód. Na nowo powróciły słodkowodne zwierzęta i rośliny. Około 7 000 lat temu w wyniku podnoszenia się poziomu wód powstało, przez Danię, nowe połączenie z Morzem Północnym. Dzięki czemu ukształtowało się Morze Litorynowe, którego nazwa pochodzi od żyjącego w nim ślimaka Littorina. Było ono nieco głębsze, szersze oraz bardziej słone od dzisiejszego Bałtyku.
Historia Bałtyku zaczyna się w momencie ustąpienia najmłodszego zlodowacenia. Stało się to w erze holocenu. Najpierw powstało słodkowodne Bałtyckie Jezioro Lodowe zwane jeziorem zaporowym (na terenie obecnego południowego Bałtyku), utworzone około 8.200r. p.n.e. z nagromadzenia się wód roztopowych. W tej postaci istniało ono prawie 500 lat. Około roku 7.700 p.n.e. dalsze ocieplanie się klimatu spowodowało podniesienie się poziomu wody. Most lodowy, który istniał między kontynentem a Skandynawią, uległ zniszczeniu. Wody jeziora utworzyły rzekę, popłynęły na zachód i poziom wody opadł. Utworzyło się Morze Yoldiowe ( od mięczaka Yoldia arctica ). Nastąpiło zasolenie morza do poziomu wyższego niż tez panujący obecnie. Było to morze arktyczne. Jednym ze śladów arktycznej fauny pozostałym do dziś jest foka. Pomimo, że warunki klimatyczne ulegały ciągłym przemianom, foczki dostosowały się. Dalsze topnienie lodowca podniosło dno cieśniny i połączenie, które istniało z morzem na zachodzie zamknęło się. Nastąpiło około 1.000 lat po powstaniu Morza Yoldiowego. Dopływy słonej wody ustały, jednocześnie ogromne ilości wody słodkiej, pochodzącej z topnienia lodowca doprowadziły do "wysłodzenia" wody morza. Skutkiem tego było wyginięcie ogromnej ilości zwierząt, żyjących w zasolonych wodach. Zmiana budowy morza wiązała się również ze zmianą nazwy. Powstało gigantyczne jezioro słodkowodne - Jezioro Ancylusowe (nazwa wywodzi się od mięczaka Ancylus fluviatilis). W tej postaci przetrwało ono ponad tysiąc lat. Morze jednak nigdy nie daje za wygraną... Powróciło około 5,000 r.p.n.e. Otworzyło się połączenie, tworzone przez cieśniny Skagerrak, Kattegat, Wielki i Mały Bełt oraz Sund. Wówczas morze nazywało się Morzem Litorynowym ( w tym przypadku nazwa wywodzi się od małża Litoryna litorea). Początkowo połączenie było głębsze i szersze niż jest dzisiaj, a wody morza były bardziej słone. Wypiętrzanie się południowych okolic Skandynawii spowodowało wypłycenie cieśnin, a co za tym idzie i wysłodzenie wód morza, dlatego Bałtyk jest zaliczany do mórz jedynie słonawych. Stawia to specyficzne wymagania roślinom i zwierzętom w nim żyjącym. Teraz ten proces zdaje się zmierzać w odwrotnym kierunku. Wznoszenie się Skandynawii zamieniło się w opadanie. Bardzo powoli cieśniny między Danią a Półwyspem Skandynawskim pogłębiają się. W odległej przyszłości może to spowodować wzrost zasolenia wód Bałtyku. Bałtyk jest morzem szelfowym, połączonym z Morzem Północnym, a co za tym idzie z Atlantykiem cieśninami: Sund, Mały Bełt, Wielki Bełt, Kattegat i Skagerrak.