Początki rozwoju Bałtyku sięgają schyłku plejstocenu, kiedy przed czołem topniejącego lądolodu skandynawskiego wody rztpwe utworzyły Bałtyckie Jezioro Lodowe. Kilkaset lat później kurczenie się czaszy lodowej i zwiększenie zasięgu Bałtyckiego Jeziora Lodowego umożliwiły połączenienie przez obszar południowej Szwecji z Morzem Północnym, Przez nowo utworzorzony przesmyk w rejonie dzisiejszych jezior Wener, Wetter i Melar wlały się zasolone wody. Tę słonowodną fazę rozwoju Bałtyku nazwano Morzem Yoldiowym. Następnie na skutek dźwigania się pozbawionej balastu Skandynawii, połączenie z morzem zostało przerwane i Bałtyk przekształcił się w Kezioro Ancylusowe. Kolejne połączenie z Morzem Północnym nastąpił po około 1600latach, ale tym razem przez cieśniny duńskie. Morze Litorynowe było bardziej zasolone niż dzisiejszy Bałtyk i miało znacznie większą powierzchnię. Linia brzegowa na płudniu prawie dokładnie pokrywa się z dzisiejszą. Ostatnią, trwającą fazą rozwoju Bałtyku jest morze Mya. W niedalekiej przyszłości możemy spdziewać się dalszych zmian zasięgu M. Bałtyckiego.
