Zachodnioeuropejskie uniwersytety powstały samoczynnie i nie były kontynuacją szkół starożytnych, islamskich czy bizantyjskich. Ich powstanie wiąże się z rozwojem kultury miejskiej w XII i XIII wieku. We wcześniejszym okresie nauczanie i życie naukowe prowadzone było przede wszystkim w klasztorach, a uczniowie i mistrzowie należeli zawsze do stanu duchownego. Szkoły prowadzone w miastach przeznaczone były również dla świeckich (choć często stanowili oni mniejszość), a ich zależność od hierarchii kościelnej była znacznie mniejsza. Szkoły miejskie były organizowane na podobieństwo rzemieślniczych cechów, czyli były autonomicznymi związkami mistrzów i uczniów. Uniwersytety powstawały z połączenia różnych szkół, a przez to działały w budynkach rozproszonych po całym mieście.
Pierwsze znane obecnie szkoły, przypominające swym charakterem uniwersytety powstały w czasach starożytnych na obszarzeBliskiego Wschodu, Indii, Chin oraz Grecji. Należała do nich m.in. Akademia Platońska (działająca w latach 387 p.n.e. – 529), chińskie szkoły Shang-Xiang, Taixue i Guozijian oraz uczelnia Nalanda (działająca w latach ok. 500 p.n.e. – 1193 na obszarze Indii)[4]. We wczesnym średniowieczu kalifaty arabskie oraz Cesarstwo Bizantyjskie były najwyżej cywilizacyjnie rozwiniętymi obszarami świata[5] [6], a Bagdad z Konstantynopolem stały się stolicami ówczesnej nauki. Częściowo sytuacja ta wynikała z faktu, iż Bizancjum oraz świat arabski – w przeciwieństwie do Zachodu – zachowały zdobycze nauki starożytnych Greków, Rzymian i innych ludów (Bizancjum było kontynuacją Cesarstwa Wschodniorzymskiego). W Bagdadzie powstał tzw. "Dom Mądrości" – olbrzymia biblioteka i jednocześnie szkoła filozoficzna[7], w Fezie (obecnie Maroko) od 859 r. działał uniwersytet Al-Karawijjin, a wKairze uniwersytet Al-Azhar (od 988 r.)[8]. Na uczelniach tych wykładano m.in. teologię, filozofię, logikę i medycynę. W tym czasie w Europie Zachodniej nauka była w upadku. Karol Wielki (ok. 800) usiłował stymulować jej rozwój tworząc szkołę pałacową w Akwizgranie, w której uczyli duchowni. Za jego przykładem szli inni władcy europejscy. Kościół Rzymskokatolickitworzył szkoły klasztorne (m.in. w Auxerre, Reims, St. Gallen, Chartres). Karol Wielki zreformował system szkolnictwa europejskiego podwyższając poziom nauczania w szkołach klasztornych i tworząc szkoły katedralne, zarządził by do nauki w tych szkołach swobodnie dopuszczano świeckich (dotychczas naukę mogli pobierać tylko ludzie przygotowujący się do stanu duchownego). Ustalony program obejmował 7 sztuk wyzwolonych w stopniu niższym-trivium (gramatyka, retoryka, dialektyka) i wyższym quadrivium (arytmetyka,geometria, astronomia i muzyka). W 970 roku Gerbert z Aurillac sprowadził do Europy cyfry arabskie. Mimo tych reform i osiągnięć poziom nauki w Europie był do XI-XII w. bardzo niski, niższy od poziomu nauki greckiej w III w. p.n.e.