Od 1670 do 1672 wykładał optykę. W tym czasie badał załamanie (refrakcję) światła, pokazując, że pryzmat może rozszczepić białe światło w widmo barw, a potem soczewka i drugi pryzmat powodują uzyskanie białego światła ponownie z kolorowego widma. Na tej podstawie wywnioskował, że każdy refraktor (teleskop soczewkowy) będzie posiadał wadę polegającą na rozszczepieniu światła (aberracja chromatyczna), aby uniknąć tego problemu zaprojektował własny typ teleskopu wykorzystujący zwierciadło zamiast soczewki znany później jako teleskop Newtona (teleskop zwierciadlany). Później, kiedy dostępne stały się szkła o różnych własnościach dyspersyjnych problem ten rozwiązano stosując soczewki achromatyczne. W 1671 Royal Society poprosiło o demonstrację jego teleskopu zwierciadlanego. Zainteresowanie to zachęciło Newtona do opublikowania notatek pt. On Colour, które później rozwinął w większe dzieło pt. Opticks. Kiedy Robert Hooke skrytykował niektóre z pomysłów Newtona, ten obraził się do tego stopnia, że wycofał się z publicznej debaty. Z powodu paranoi Newtona, tych dwóch ludzi pozostało wrogami aż do śmierci Hooke’a. W jednym z listów do Hooke’a z datą 5 lutego 1676 Newton napisał: „Jeśli widzę dalej to tylko dlatego, że stoję na ramionach olbrzymów”. Jest to parafraza zaczerpnięta z Lukana (II, 10): „Karły umieszczone na barkach gigantów widzą więcej niż sami giganci”. Słowa te są przytaczane dzisiaj jako dowód szacunku jaki miał Newton do osiągnięć swych poprzedników. W rzeczywistości była to złośliwa uwaga poczyniona pod adresem Hooke’a, jako że ten był człowiekiem niskiego wzrostu. Newton twierdził, że światło składa się z cząstek. Późniejsi fizycy przychylili się bardziej do falowej natury światła, ponieważ znalazła ona potwierdzenie w eksperymentach (np. słynny eksperyment z dwoma szczelinami Thomasa Younga z 1801 roku). Obecnie mechanika kwantowa uznaje dualizm korpuskularno-falowy, jakkolwiek fotony mają bardzo mało wspólnego z Newtonowskimi cząstkami światła (np. załamanie tłumaczył Newton tym, że na cząstki światła działa siła pochodząca od materii i działająca tylko w jej sąsiedztwie). Jednak niektórzy uważają, że teoria światła Newtona jest bliska dualistycznej, choć nie identyczna z nią[3]. Wydaje się, że Newton był przekonany o pokrewieństwie między różnymi oddziaływaniami na odległość takimi jak telepatia (w jego wczesnych notatkach można znaleźć wzmiankę o pracy Josepha Glanvilla dotyczącą tego właśnie tematu) czy leczenie ran na odległość poprzez obkładanie odpowiednimi proszkami broni (autorem tej hipotezy był Kenelm Digby, arystokrata, filozof i członek Royal Society) a przyciąganiem magnetycznym i grawitacją. John Maynard Keynes, który zdobył większość prac Newtona dotyczących alchemii, głosił, że „Newton nie był pierwszym w epoce rozumu, ale ostatnim z magików”. Zainteresowania Newtona alchemią nie mogą być oddzielane od jego wkładu w naukę[4], nie było wtedy jasnego rozróżnienia między alchemią a nauką. Jeśli nie wierzyłby w ideę oddziaływania na odległość poprzez próżnię, nigdy nie rozwinąłby teorii grawitacji. Fizyka W 1679 Newton powrócił do swojej pracy nad grawitacją i jej wpływem na orbity planet, odwołując się do praw Keplera. Swoje wyniki opublikował w De motu corporum (1684). Obejmowała ona początki praw ruchu, które zostały szerzej omówione w Principiach. Philosophiae naturalis principia mathematica (Matematyczne podstawy filozofii naturalnej, bardziej znane dzisiaj jako Principia), zostały opublikowane w 1687 dzięki zachęcie i finansowemu wsparciu Edmunda Halleya. W dziele tym Newton ogłosił trzy uniwersalne zasady dynamiki, które przetrwały niezmienione aż do czasów Alberta Einsteina. Użył łacińskiego słowa gravitas (ciężar) do nazwania siły, którą obecnie znamy pod nazwą grawitacji i zdefiniował prawo powszechnego ciążenia. W tej samej pracy przedstawił pierwsze analityczne wyprowadzenie, oparte na prawie Boyle’a, wzoru na prędkość dźwięku w powietrzu. Był zwolennikiem teorii atomistycznej oraz skończoności prędkości światła, gdy idee te nie były jeszcze powszechnie akceptowane przez świat nauki. Principia przyniosły Newtonowi międzynarodową sławę i uznanie. Zdobył krąg wielbicieli.
Izaak Newton przez całe życie dociekał, jak zbudowany jest i jak funkcjonuje świat. Obserwował, prowadził eksperymenty, budował przyrządy, wykonywał obliczenia, dowodził twierdzeń. W swoim słynnym dziele Philosophiae Naturalis Principia Mathematica sprecyzował pojęcia przestrzeni, czasu, układu odniesienia, masy, siły, pędu itd. Podał trzy podstawowe prawa dynamiki, zwane zasadami mechaniki, leżące u podstaw mechaniki klasycznej, Sformułował zasady zachowania pędu i momentu pędu. Odkrył również prawo powszechnego ciążenia jako uniwersalne prawo natury, dotyczące wszelkich ciał fizycznych. Korzystając z podanych przez siebie praw ruchu, wyrażonych w ścisłej matematycznej postaci, rozwiązał wiele konkretnych problemów właściwej fizyki oraz astronomii. Nie tylko uzasadnił system Kopernika i trzy prawa Keplera, ale podał jednolitą teorię ruchów ciał na Ziemi oraz planet, komet i innych ciał niebieskich wykazując, że te same prawa rządzą ruchem ciał na Ziemi jak i ruchem ciał niebieskich.. Jako pierwszy opisał matematycznie zjawisko pływów morskich. Ogłosił teorię pochodzenia gwiazd. Prace Newtona dotyczyły niemal wszystkich działów fizyki i astronomii. Przyczynił się niezwykle do rozwoju optyki, nauki o cieple, mechaniki ośrodków ciągłych itd. Choć jego zasługi dotyczą głównie teorii, to jednak dokonał on także wielu odkryć eksperymentalnych (np. odkrycie dyspersji światła, rozszczepienia światła białego, dyfrakcji i interferencji w cienkich płytkach, odkrycie prawa stygnięcia ciał, praw lepkości). Okazał się nie tylko utalentowanym eksperymentatorem, lecz również znakomitym rzemieślnikiem własnoręcznie zbudował zaprojektowany przez siebie teleskop zwierciadlany. Rozważając problemy fizyki konstruował aparat matematyczny, konieczny do opisu jej praw. Był miedzy innymi twórcą rachunku wariacyjnego i, niezależnie od Gottfrieda Leibniza, przyczynił się do rozwoju rachunku różniczkowego i całkowego. Zainteresowania Newtona sięgały znacznie dalej niż fizyka i matematyka. Wiele lat poświęcił na eksperymenty i studia alchemiczne. Zawdzięczamy mu stop cyny, ołowiu i bizmutu stosowany w mechanice precyzyjnej. Wiele czasu poświęcał rozważaniom teologicznym. Zajmował się również historią Kościoła i związkami nauki z religią. Dziś trudno sobie wyobrazić ogromne wrażenie, jakie odkrycia Newtona wywarły na współczesnych. Rozszczepienie białego światła na jednobarwne składowe, rachunek różniczkowy i całkowy oraz prawo powszechnego ciążenia były czymś więcej niż tylko zaskakującymi odkryciami. Wydawało się bowiem, że nauka odnalazła wreszcie właściwy klucz do objaśnienia świata. Dziedziny wiedzy tak różnorodne, jak chemia, medycyna, psychologia, filozofia, teologia, nauki społeczne, a nawet etyka, zapragnęły naśladować metodę Newtona w nadziei, że ich wyniki okażą się równie pewne i dalekosiężne. Odkrycia Newtona okazały się wyjątkowo brzemienne w skutki. Uzupełniane i formułowane na nowo przez innych uczonych, stanowić miały rdzeń nowożytnej nauki. Sama zaś eksperymentalna i matematyczna nauka oraz postępująca jej śladami technika przeobraziły świat w ciągu ostatnich kilkuset lat bardziej niż przez poprzednie tysiąclecia.