Źródło Noteci znajduje się na obszarze pomiędzy wsią Szczecin a Bogołomia w gminie Chodecz, na Pojezierzu Kujawskim, na zachód od Jeziora Kromszewskiego. Stąd płynie w kierunku południowo-zachodnim do jeziora Przedecz.W 1928 roku Walenty Winid przedstawił iż Noteć powstaje z dwóch nurtów – Noteci wschodniej oraz Noteci zachodniej, która obecnie zwana jest Małą Notecią[3].Dalej rzeka przepływa przez Jeziora Brdowskie, Modzerowskie oraz Długie. Następnie płynąc na zachód, a potem na północ, przepływa wzdłuż jez. Gopło.W dalszym biegu Noteć przepływa jeszcze przez małe jeziora pałuckie, po czym dostaje się do Pradoliny Toruńsko-Eberswaldzkiej. Odtąd płynie wśród rozległych łąk i bagien.W Nakle rzeka łączy się z Kanałem Bydgoskim i odtąd aż do ujścia (na długości 187 km) jest elementem drogi wodnej Wisła-Odra. Od Nakła do Krzyża na długości 137 km ma charakter rzeki skanalizowanej z 14 stopniami wodnymi (śluzami i jazami)[3].Dość ospały bieg „leniwej Noteci” zmienia się dopiero po przyjęciu największego dopływu – Gwdy. Ostatnim większym dopływem jest Drawa. Ujście rzeki do Warty następuje w Santoku koło Gorzowa Wielkopolskiego.
