Na chrzcie nadano mu imiona Joannes Chrysostomus Wolfgangus Theophilus, pierwsze na cześć świętego katolickiego patrona dnia urodzenia Jana Chryzostoma, Wolfgang na pamiątkę dziadka ze strony matki, a Teofil na pamiątkę ojca chrzestnego. Przez większość życia kompozytor posługiwał się jednak imionami Wolfgang Amadé. Amadé to francuska wersja greckiegoimienia Teofil (przyjaciel Boga lub umiłowany przez Boga). Wcześniej używał także wersji włoskiej (Amadeo). We wczesnych dokumentach występowała również forma Wolfgang Gottlieb(Gottlieb to niemieckie tłumaczenie dla Teofil). Natomiast nigdy nie używał najpowszechniejszej dzisiaj wersji łacińskiej Amadeus. W dzieciństwie rodzice używali również zdrobnień Wolferl,Wolfgangerl i we wczesnych czasach Wolfi, o czym wiadomo z listów ojca i innych źródeł.
Urodzony w Salzburgu, jako siódme dziecko Leopolda Mozarta oraz Anny Marii. Miał starszą o pięć lat siostrę Marię Annę nazywaną Nannerl, która także przejawiała uzdolnienia muzyczne. Razem z nią, kiedy miała 11 lat, mały Wolfgang grywał duety klawesynowe na zasłoniętej jedwabistym materiałem klawiaturze. Ojciec – Leopold Mozart – woził ich po całej Europie, przez co Wolfgang zaczął chorować. W roku 1761 skomponował swój pierwszy utwór – Menuet i Trio KV 1.Pozostała piątka rodzeństwa zmarła w wieku niemowlęcym. W wieku trzech lat Wolfgang, słysząc grę siostry na klawesynie, zabawiał się wyszukiwaniem tercji na tym instrumencie (jak wspomina później jego siostra). Od piątego roku życia uczył się gry na klawesynie pod kierunkiem swojego ojca.