Wybuch wojny zastał ją we Lwowie, gdzie pracowała jako wykładowca na Uniwersytecie im. Jana Kazimierza. 17 września Polacy dowiedzieli się, że na wschodnie tereny Polski wkracza Armia Czerwona, rzekomo, żeby bronić mieszkającej tu ludności, w rzeczywistości jako drugi najeźdźca. Życie w mieście pod okupacją radziecką stawało się z dnia na dzień trudniejsze. Rosjanie rabowali sklepy i domy, Polacy byli więzieni, z czasem rozpoczęły się masowe wywózki w głąb Rosji. Zmieniło się też życie na uniwersytecie, władze uczelni objęli komuniści, pod ich dyktando należało formułować treści nauczania. Zwalniano polskich profesorów. Wkrótce Lanckorońska także została pozbawiona posady. Zdecydowała się wówczas wyjechać do Krakowa, tu zamierzała działać w Związku Walki Zbrojnej.
