1 I 1959 r. zwolennicy Castro zajęli Hawanę, a na czele rządu stanął sam Fidel. W maju 1959 r. przeprowadził reformę rolną: utworzono spółdzielnie rolnicze, co uderzyło w Stany Zjednoczone, gdyż to one głównie inwestowały w tamtejszą uprawę trzciny cukrowej i jej przetwórstwo. Stosunki amerykańsko-kubańskie szybko pogorszyły się, a Castro wszczął kampanię propagandową przeciwko USA. Szybko znacjonalizował amerykańskie szyby naftowe na Kubie i pozostałe przedsiębiorstwa. W odpowiedzi Amerykanie wstrzymali import cukru i zamrozili kubański kapitał w USA.Sytuację postanowiła wykorzystać Moskwa, przekonując Castro, iż budowa systemu komunistycznego ułatwi Kubie zwycięskie wyjście z konfliktu z USA. Chruszczow udzielił Kubie pożyczek i nawiązał kontakty handlowe. W zamian Castro musiał zgodzić się na zainstalowanie na wyspie radzieckich wyrzutni rakietowych. Sytuacja praktycznie zmusiła Castro do opowiedzenia się po stronie komunizmu.3 I 1961 r. Amerykanie zerwali stosunki dyplomatyczne z Kubą, a 13 IV 1961 r. CIA przeprowadziła próbę zbrojnego desantu w Zatoce Świń, wykorzystując do tego ok. 12 tys. kubańskich uchodźców. Jednak oddziały te nie zdołały przebić się w głąb wyspy i zostały rozbite przez kubańskie wojska. Dało to Castro pretekst do pozbycia się swoich przeciwników politycznych.W lipcu 1962 r. Rosjanie rozpoczęli akcję przerzucania na Kubę swoich specjalistów wojskowych, wyrzutni rakietowych itd. Stany Zjednoczone zareagowały bardzo stanowczo, zdając sobie sprawę, że taka sytuacja wzmocni pozycję Moskwy przed zbliżającą się konferencją amerykańsko-radziecką oraz stanowi zagrożenie dla bezpieczeństwa USA. Prezydent Kennedy ogłosił blokadę Kuby, co udaremniło radzieckie dostawy na wyspę, podjęto też przygotowania do inwazji. Z rozkazu prezydenta zatapiano statki usiłujące złamać blokadę. Pośrednictwo w konflikcie, który groził nawet rozpoczęciem wojny atomowej, zaoferował papież Jan XXIII.Ostatecznie Chruszczow zagwarantował, że nie ma agresywnych zamiarów wobec USA i - aby uratować rządy Castro - zgodził się wycofać swoje rakiety z wyspy. Kompromis osiągnięto 28 X 1962 r. Amerykanie ogłosili, że szanują suwerenność Kuby i nie przygotowują przeciwko niej inwazji (21 XI odwołano blokadę). Kuba pozostała państwem komunistycznym, ale nie stała się radziecką bazą wojskową.
